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基本信息：
| 申购主题： | 空间代谢组-50um-双离子技术 |
| 送货时间： | 合同签订后7天内送达 |
| 报价要求： | 国产含税 |
| 项目要求： | 免费上门安装（含材料费） |
| 发票类型： | 增值税普通发票 |
| 预算： | 48000.0人民币 |
| 付款方式： | 按甲方要求完成服务内容，并经双方验收合格，且甲方收到乙方开具的符合甲方要求的发票之日起10个工作日内甲方一次性支付全部货款。 |
| 收货地址： | 山东省/济南市/历下区/**** |
采购明细：
| 序号 | 设备名称 | 数量/单位 | 预算单价 | 品牌 | 型号 | 规格参数 | 质保及售后服务 | 附件 |
| 1 | 空间代谢组-50um-双离子技术 | 4.0（项） | 12000.0（人民币） | 待包埋样品在被切片前被储存在-80℃，用低温恒温切片机（Leica CM 1950，Leica Microsystem，Germany）将样品切成10 μm左右的连续切片，并贴在正电荷解吸板（Thermo Scientific，U.S.A）上，然后切片被储存在-80℃待用。在质谱成像（mass spectrometry imaging，MSI）分析之前，将切片置于-20℃下干燥1小时，然后在室温下干燥2小时，之后上机检测。同时，留下一个相邻的切片进行苏木精-伊红（hematoxylin-eosin，H&E）染色。通过AFADESI-MSI平台（Beijing Victor Technology Co., LTD，Beijing，China）与Q-Orbitrap质谱仪（Q Exactive，Thermo Scientific，U.S.A）串联进行的。在负离子模式下，喷雾溶剂为乙腈（acetonitrile，ACN）/H2O（8:2），在正离子模式下，喷雾溶剂为ACN/H2O（8:2，0.1% FA）。溶剂流速为5 μL/min，传输气体流速为45 L/min，喷雾电压设置为7 kV，样品表面与喷雾器之间，及喷雾器与离子传输管之间的距离为3 mm。MS分辨率设定为70,000，质量范围为70-1000 Da，自动增益控制（automated gain control，AGC）目标为2E6，最大进样时间设定为200 ms，S-lens电压为55 V，毛细管温度为350℃。进行MSI扫描时，X方向上的速度为0.2 mm/s，Y方向以100 μm的垂直步长进行。使用imzMLConverter 2将质谱采集原始“.raw”格式文件转换为“.imML”格式，然后导入MSiReader，在使用Cardinal 软件包进行背景减法后进行离子图像重建。所有的质谱图像都使用每个像素的总离子数归一化（TIC）进行归一化 。通过匹配高空间分辨率的H&E图像，精确提取区域特定的MS轮廓。不同组织微区的差异代谢物首先由有监督的统计分析方法即正交偏最小二乘判别分析（orthogonal partial least squares discrimination analysis，OPLS-DA）进行筛选。从OPLS-DA模型中得到的变量重要度投影（Variable Importance of Projection，VIP）值被用来描述每个代谢物对组间区分的总体贡献。如果VIP值大于1，则表明该代谢物可能是潜在的差异代谢物。之后，进一步使用双尾Student’s T检验来验证组间差异的代谢物是否显著。最后，选择VIP值大于1.0且P值小于0.05的代谢物作为差异代谢物。此外，针对MSI分析得到的特殊数据结构，对每个像素的MS数据分别进行了T分布的随机邻接嵌入（T-distributed stochastic neighbor embedding，t-SNE）和统一流形近似和投影降维（niform manifold approximation and projection for dimension reduction，UMAP）来进行降维。在MSI数据聚类中，****中心点聚类算法（Spatial shrunken centroids clustering，SSCC），根据每个像素中离子丰度的不同，对样品进行聚类。 1. 基因定量质控 1，质谱数据预处理（背景扣除、峰对齐、峰筛选、归一化、平滑处理等）； 2，tsne图分析、umap图分析、聚类特征图、top10-特征表达热图、质谱图、成像图； 3，组间多元统计分析（PCA、PLS-DA、OPLS-DA、火山图、Loading图、Splot图、热图、相关性分析等）， 4，差异代谢筛选及代谢物标注分析； 5，差异代谢物的通路富集分析； | (1) 本项目服务期为一年。(2) 质量保证期为一年。 |
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本公告地址：https://www.120bid.com/view/12104/gU6g7aABni4p5U9XaMFz.html
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