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基本信息：
| 申购主题： | 单细胞转录组测序项目 |
| 送货时间： | 合同签订后7天内送达 |
| 报价要求： | 国产含税 |
| 项目要求： | 免费上门安装（含材料费） |
| 发票类型： | 增值税普通发票 |
| 预算： | 300000.0人民币 |
| 付款方式： | 按甲方要求完成服务内容，并经双方验收合格，且甲方收到乙方开具的符合甲方要求的发票之日起10个工作日内甲方一次性支付全部货款。 |
| 收货地址： | 山东省/济南市/槐荫区/**** |
采购明细：
| 序号 | 设备名称 | 数量/单位 | 预算单价 | 品牌 | 型号 | 规格参数 | 质保及售后服务 | 附件 |
| 1 | 单细胞转录组测序项目 | 1.0（批） | 300000.0（人民币） | 一、产品规格与技术参数指标 本服务共计包含35个独立组织样本的全流程实验、建库、上机测序及标准生信挖掘。中标方须严格满足以下各项高精度硬性指标： 1.1 前期组织处理、单细胞悬液制备质控指标 单细胞悬液制备：负责对采购方提供的组织样本进行温和解离及单细胞悬液制备。解离过程必须严格控制酶活、消化时间及重悬流速，镜检严禁含有细胞团块、死细胞碎片、红细胞污染或非细胞组织杂质。 细胞活率与浓度硬性指标：细胞上机起始浓度必须通过高精度复核，严格控制在700-1200 cells/μL。解离后的单细胞悬液，细胞活性硬性要求≥80%。 1.2 10X单细胞文库构建与高通量测序参数 微流控油滴包裹捕获：必须基于10x Genomics Chromium 系统进行细胞捕获。利用带有16bp Cell Barcode、12bp UMI 及 30bp poly(dT) 序列标签的胶珠（Beads）和单个细胞高效包裹在“油包水”液滴中，形成Single Cell GEMs结构。 物理通道独立性：本项目共35个独立样本，必须占用35个完全独立的10x芯片物理通道（Wells）进行包裹，严禁为了拼单或节省成本进行任何形式的多样本Pooling混样混测。 细胞回收与双细胞率控制：最终经生信过滤、DoubletFinder（版本：2.0.4）算法识别并精准剔除双细胞（Doublet cells）后，单样本回收的高质量有效细胞数（Estimated Number of Cells）必须稳定在25,000个细胞左右（验收合格底线为≥24,500个细胞，严格对齐官方质控表标准）。 下机数据量与测序质量： 采用Illumina/DNBSEQ等超高通量测序仪进行双端PE151测序策略。 单样本下机有效测序数据量必须严格≥135G（即单样本有效测序Reads数≥900 M单端Reads/450 M对PE Reads）。全项目35个样本总下机有效数据量必须严格≥31,500M（315亿条）Reads，总Raw Data不低于4.7 TB，数据缺口严禁超过 0.5%。 测序质量分值（Phred）必须严格符合：Q30_Bases_in_Barcode ≥ 96.8%，Q30_Bases_in_RNA_Read ≥85%，Q30_Bases_in_UMI ≥ 90%。 二、 数据分析与技术交付标准 中标方交付的数据分析报告及原始文件，必须完全涵盖标准生信流程： 1.原始数据质控与比对：使用FastQC和SeqKit软件对每个样本的原始数据进行严格的数据量与碱基质量统计。利用官方Cell Ranger软件进行Barcode矫正比对及基因表达定量，生成高保真细胞-基因表达矩阵。 2.高级单细胞生信过滤：单细胞UMI数目阈值严格卡死在大于400且小于20,000；单个细胞检测到的Gene数目阈值卡死在大于400且小于8,000；线粒体基因比例（percent.mito）过滤阈值必须严格小于20%，以精准剔除低质量的死亡或空泡细胞。 3.数据整合、降维与分群：通过R包Seurat（版本：4.4.0）对数据进行标准化与Scale处理。多样本间采用CCA+MNN方法或 Harmony（版本：1.2.1）包进行多样本整合与批次矫正。利用高变基因进行高级主成分分析（PCA）降维，基于Graph-based聚类算法进行细胞群划分，最终利用t-SNE和UMAP二维流形图形对单细胞降维结果进行高清聚类展示。 4.特异性标记基因（Marker）鉴定：利用Wilcoxon秩和检验（FindAllMarkers 函数）将各细胞群分别与其他所有细胞群进行差异分析。差异基因筛选硬性指标为：log2FC.threshold > 1，且Bonferroni校正后的显著性优势指标p_val_adj < 0.05。通过聚类热图、气泡图、分群质量指标小提琴图进行可视化呈现。 5.功能通路富集与自动注释：利用超几何检验进行高级 GO（Gene Ontology）三大分支功能富集分析及KEGG Pathway信号通路富集分析，筛选p.adjust < 0.05 的显性条目产出dotplot图及Pathway通路结构图。单细胞分群必须采用SingleR（版本：2.4.1）软件对比官方参考数据库进行全自动、高可信度的细胞类型标签注释。 6.产权归属：本项目服务期内产生的所有表达矩阵（GEM）、rds格式聚类文件、下机文库及生信工作流成果，知识产权完全归采购方（甲方）所有，中标方不得用于公开发表或其他任何商业、非商业用途。 三、售后服务 1. 无损复测与全额试剂赔偿条款：因原代组织解离后的活细胞样品具有极其珍稀且不可逆的孤品性质，在细胞解离、微流控捕获、油滴包裹、逆转录文库构建或者上机测序全流程中，若因中标方操作延迟、重悬加样手法不当导致芯片堵孔、油滴破乳、最终回收的高质量有效细胞数未达25,000±500个，或下机测序数据量及Q30质量不达标（如Barcode Q30跌破96.8%），中标方必须无条件免费提供同等规格的全新原厂芯片、10x捕获耗材盒及测序试剂重新进行实验，由此产生的所有连带试剂与芯片成本由中标方全额承担。 2. 包干结算保障。该费用已包含35个样本从单细胞制备、微流控芯片捕获、双端文库构建、上机测序（总计31.5 Billion Reads通量谱）到Cell Ranger表达矩阵及SingleR注释全套生信分析交付的所有芯片、试剂、人工及机器算力成本。中标后不得以任何理由要求采购方追加任何额外费用。 3. 交付时效性：本项目时间紧迫，为保障项目敏捷推进，自提交合格组织样品起计算，标准常规测序数据及质控结果须在7个工作日内交付。 | (1) 本项目服务期为1年。(2) 质量保证期为2年。 |
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本公告地址：https://www.120bid.com/view/12104/q5wVvqABMqitpwL5ImEX.html
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