2025年度采购需求公告第387批（第二次）-全基因数据分析采购

为便于供应商及时了解采购信息，现****中心年度采购需求予以公告，有意向者须提供公司资质、报价单（需加盖公章、注明联系人、联系方式、单价、总价、参数逐条响应承诺等）资料发送至：__****@****.cn，邮件主题以“公司名称+项目名称+公告批次”命名，报名截止时间: 2025年12月3日 15点 30 分，以邮件发送时间为准。联系人：秦老师，联系电话：025-****9340。

购置理由：调查全省医疗污水微生物菌群，检测微生物耐药基因。

参数如下：

全基因测序数据（raw data）分析

样品种类：菌株

样品份数：70份

数据种类：全基因下机测序及数据分析

具体要求：

一、测序

将70个菌株进行全基因组测序。

二．数据预处理与质量控制

1. 数据清洗：

用专业的质量控制工具（如FastQC、Trim Galore和Trimmomatic）对原始测序数据进行清洗，去除低质量的reads、适配器序列以及含有不明确碱基（N）的序列。

2. 质量评估：

提供详细的质量评估报告，包括碱基质量分布、GC含量分布、序列重复性等指标，以确保数据质量符合后续分析的要求。

三、基因组组装与注释

1. 从头组装：

对于没有参考基因组的菌株，要求使用高质量的从头组装工具（如Spades、Canu/Flye）进行基因组组装，生成连续且完整的contig/scaffold序列。

2. 基因预测与注释：

使用准确的基因预测工具（如Prokka、Augustus）预测编码基因（CDS）、tRNA、rRNA等基因元素，并生成GFF3格式的注释文件。使用最新的数据库（如COG、KEGG、GO、Pfam、CARD）进行功能注释，识别抗生素抗性基因、毒力因子等关键功能元素。

四、比较基因组学分析

1. 系统发育分析：

基于核心基因组或单核苷酸多态性（SNP）构建系统发育树，明确菌株间的进化关系，并结合元数据（如来源、表型）进行解释。

2. 基因组变异分析：

识别SNP、Indel等变异位点，筛选非同义突变或功能相关变异，并结合表型数据（如抗生素敏感性）进行关联分析。

3. 泛基因组分析：

定义核心基因组和泛基因组，分析基因家族的获得与丢失事件，关联表型差异（如致病性、代谢能力）。

五、功能挖掘与生物标志物发现

1. 功能富集分析：

对差异表达基因或特定菌株特有的基因进行GO/KEGG富集分析，揭示潜在功能特征。

2. 移动遗传元件分析：

使用专业的工具（如PlasmidFinder、PHASTER、ISfinder）检测质粒、噬菌体、转座子等移动遗传元件，分析其在水平基因转移中的作用。

3. 代谢通路重建：

***网络，比较碳源利用、次级代谢产物合成等能力的差异。

六、抗生素抗性基因（ARGs）分析

1. ARGs注释/丰度计算；

2. ARG分布与可视化

七、消毒剂抗性基因（BRGs）分析

1. 比对 BacMet数据库；

2. BRGs丰度计算与分类

八、统计分析与图形展示

九、 针对该项目无限次售后免费服务，包括图片修改，售后期间积极回应项目需求等。