汉中市疾病预防控制中心关于致病菌识别网和食源疾病监测阳性菌株测序项目公开询价的公告

项目服务内容

报价

备注

1、***平台。

2、核酸提取的技术方案和要求

2.1 DNA 提取。核酸提取操作需符合试剂盒说明书的要求，提取后应进行质量测定。

2.2 核酸质量控制要求。DNA提取物OD260/OD280在1.7~1.9之间，OD260/OD230大于2。无蛋白质污染。保持DNA的完整性。

3．高通量测序技术指标

3.1 文库构建和测序方案。（1）根据自样品中提取的 DNA 量选择相应的建库试剂盒：起始总 DNA量在 10ng 以上采用普通建库试剂盒；总量在 100pg-10ng 之间，采用超微量 DNA建库试剂盒。（2）根据采用的测序系统的要求确定文库所需的片段化长度范围。根据不同建库试剂盒，可选用物理打断法或酶切打断法。

3.2 文库质量控制。（1）浓度：采用核酸荧光检测仪检测文库的浓度，建库后浓度满足不同测序仪上机文库的最低浓度标准。（2）纯度：合格的文库DNA，其OD260/OD280在1.75~2.0之间。（3）片段长度：文库片段大小为插入片段和接头序列的总长度，合格文库插入片段长度符合所选测序读长的需求；文库主峰明显、无杂峰、无接头、无引物二聚体。

3.3 测序及测序数据分析。利用高通量测序仪对构建的文库开展测序实验，采用测序读长≥100bp和双端测序模式。

3.4 测序质量控制。

3.4.1 全基因测序要求 （1）数据量：PE100 及以上测序，高质量测序数据（Q20）≥1Gb。最终获得的单菌高质量测序数据需为所测细菌种属基因组长度的 100X 或以上。（2）准确度：Q30 比例≥85%。（3）去接头后连续为N的读序不纳入分析。

3.4.2 宏基因组测序要求 （1）数据量：PE150、PE250 及以上测序，rawdata数据量≥10Gb。（2）准确度：Q30以上占比≥85%,Q20以上占比≥90%。（3）去接头序列，去掉平均质量低于20的reads，去除连续含5个及以上的N的reads，去除宿主序列。（4）去宿主序列：包括人类基因组、线粒体等序列。（5）物种鉴定：参比数据库中需涵盖细菌、真菌、病毒、寄生虫等微生物，以微生物物种分类注释为目的。

4．基因组组装技术要求。质量要求：以测序分析的目标基因组作为参照，测定样品基因组覆盖度≥95%；整体覆盖度≥100X；Scaffold 个数小于 100 个。按各个单菌种分析并报告ST分型或血清型别并提供rawdata、Fasta文件等。宏基因组测序对下机原始数据进行质控、宿主数据过滤，提供数据分析结果报告（并满足国家CDC上报系统的数据质量要求）。鉴定结果包括中文病原体列表、病原体中文解释、病原体分类注释（致病菌、背景菌、微生态等）、预测耐药毒力基因对应病原等。（提供含中文列表的检测报告）

5、交付时间：单菌种从接收样品起10内完成并提供报告及rawdata、Fasta文件。宏基因组测序从接收样品起2周完成并提供报告及rawdata。

6、付款时间：合同执行完毕后，一次性结清（时间约2024年11月）。