云南省传染病医院PBMC样本单细胞测序服务询价

为满足我院科研及临床相关研究需求，现针对8个患者外周血单个核细胞（PBMC）样本的单细胞测序服务进行公开询价，预算金额2.8万元，具体服务参数及要求如下，诚邀符合条件的服务商报价响应。

一、服务项目及核心功能

本次询价服务项目为：8个患者PBMC样本的单细胞转录组+BCR+TCR（5'）联合测序，需通过测序获得每个样本单细胞水平的基因表达谱、免疫组库信息及相关差异分析结果，为后续科研及临床研究提供可靠数据支撑。

二、服务质量核心要求

（一）实验流程要求

服务商***平台及配套单细胞5’端试剂，对患者PBMC样本分别进行细胞标记、文库构建、测序全流程操作；严格遵循实验方法及标准，不得擅自更改实验流程及参数，确保实验的规范性和可重复性。

（二）测序数据量及测序深度要求

单个样本测序数据量及测序深度需满足以下标准，确保数据充足性及测序质量，明确以“reads per cell”为核心口径：

单细胞转录组测序（5' Gene Expression）：原始测序数据（raw_fastq.gz）及质控后clean data需满足，测序深度≥20,000 read pairs/cell，单个样本总clean data ≥ 100G；免疫组库测序（BCR+TCR，V(D)J）：BCR、TCR原始测序数据（raw_fastq.gz）及质控后clean data需满足，测序深度≥5,000 read pairs / targeted T或B cell，单个样本BCR、TCR总clean data分别≥15G。

（三）数据交付标准

1.细胞捕获要求：单个样本预计捕获细胞数10000个，实际验收有效细胞数≥8000个；细胞基因中位值≥1000；双细胞率≤10%；

2.交付文件清单（需完整可直接用于后续分析，每个样本单独打包交付），其中raw_fastq（原始测序数据）为必交项：原始测序数据：raw_fastq.gz（必交，不可缺失）；质控后测序数据：clean_fastq.gz（可由服务商从raw_fastq.gz中生成并纳入交付清单）；矩阵文件：raw_matrix（用于重新进行溶液背景去除）、filted_matrix（直接用于下游分析）；标准矩阵文件：barcodes.tsv.gz、features.tsv.gz、matrix.mtx.gz；基因表达矩阵文件：提供csv、tsv、txt三种格式，方便不同软件分析使用；BAM文件：用于外显子/内含子比例分析及RNA速率轨迹分析；验收总结文件：web_summary.html（明确样本测序质量、细胞捕获情况等验收核心信息）；免疫组库相关文件（适配5'转录组+TCR/BCR联合测序）：clonotypes.csv、filtered_contig_annotations.csv、consensus_annotations.csv。

（四）患者PBMC样本解离及细胞悬液质检要求

服务商需负责样本解离（若需）及细胞悬液质检，确保每个样本的细胞状态符合测序要求，具体标准如下：细胞活性：≥85%；若细胞活性在60%-85%之间，需采用磁珠富集法去除死细胞，确保后续实验效果；细胞结团率：<15%（避免结团影响单细胞捕获效率）；细胞浓度：500-1200cells/μl（***平台要求）；细胞直径：≤40 μm（符合测序芯片捕获规格）；细胞有核率：>70%（保证测序细胞为有效有核细胞）。

（五）数据产出质量要求

测序数据质量需满足以下标准，确保数据可用；若单个样本不满足以下任意一条要求，服务商须免费重做该样本的测序及相关实验，直至达到标准（注：mt%阈值、UMI阈值、feature数阈值因样本类型及细胞类型差异较大，不做固定硬要求，由服务商结合PBMC样本特性优化调整）：

cDNA峰形：呈正态分布，片段大小介于500 bp-8000 bp，主峰>1000 bp；

cDNA文库浓度：>3ng/μl；

测序数据量及深度：符合本参数“（二）测序数据量及测序深度要求”，单个样本单细胞5’端测序clean data ≥100G，TCR、BCR测序clean data分别≥15G，测序深度达标；

测序质量：Q30>85%（确保测序碱基准确性）；

基因组比对率：≥85%（保证测序数据与参考基因组的匹配度）；

细胞平均reads数：符合测序深度要求，确保单个细胞测序深度足够；

细胞基因中位数：≥1000/细胞（保证单个细胞基因检测的完整性）；

细胞捕获及类型鉴定：单个样本细胞捕获数≥8000个；鉴定的细胞类型正常，需包含PBMC相关核心细胞类群（如T细胞、B细胞、巨噬细胞等免疫细胞），细胞类型分布与已发表相关文献无显著偏差。

三、服务安全及保障要求

测序数据质控：每个样本需进行双重质控，包括测序数据基础质控（reads数、测序饱和度、碱基质量等）及MobiVision数据分析软件标准化质控，质控报告需随数据一同交付；

试剂要求：所使用的单细胞测序试剂盒不可拆分，需为原厂正品试剂，确保试剂质量及实验稳定性；

样本处理时效：本次询价样本主要提供地为昆明，为最大限度保证患者PBMC样本细胞活性，服务商需在接收每个样本后4小时内完成样本接收质控，启动建库等后续实验流程，全程做好样本活性监控；

实验室及人员要求：服务商需具备自主实验室，配备经验丰富的实验人员，不得随意更换实验员；能根据我院课题组时间需求，及时接收和处理样本，保证所有样本的细胞最佳状态，确保实验顺利推进、按时完成。

请具有响应能力的企业在10个工作日内进行书面或邮箱回复，并提供回复函加盖单位公章，企业相应资质复印件加盖公章。

联系人：李娜 联系号码0871-****8066

邮箱：yn****@****.com



云南省传染病医院PBMC样本单细胞测序服务询价复函.docx

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