包号 / 序号： 001-001
产品名称：高通量基因测序仪
数量： 1 台
是否为经过审批采购的进口产品：是
是否为核心产品（非单一产品采购项目时适用）：是
标的对应的中小企业划分标准所属行业：工业
一、主要技术参数
★ 1 、测序原理：利用半导体芯片测序，直接将化学信号转化为电信号，实时检测测序时产生的氢离子浓度。
★ 2 、通量：测序芯片种类≥ 5 ，单次测序通量可达≥ 25 Gb ，测序 Reads ≥ 130 M 。
★ 3 、读长：单端检测序列 200-600 bp 。
★ 4 、模板制备通量：配套不同试剂，制备测序通量 300 M-25 G 。
★ 5 、测序周期（测序运行及分析时间）：单端读长 200 bp 所需测序分析时间≤ 6.5 小时。
★ 6 、灵活性：单独分离式自动文库构建、模板制备及测序系统，可并行处理，可分步质控。
7 、仪器设置时间：带有 RFID 标签的即装即用试剂盒，装配设置时间≤ 15 min 。
8 、可在单张芯片上同时完成不同样本和不同位点测序。
9 、读取精度：原始数据准确性≥ 99.0 ％。
10 、提供多重 PCR 扩增测序引物定制服务：支持单管≥ 6100 重 PCR 扩增。
11 、微量样本输入：多重 PCR 扩增测序技术，支持使用≤ 10 ng 的 DNA 或 RNA 制备文库。
12 、简易 NGS 工作流程：全部手动时间≤ 45 min 。
★ 13 、支持≥ 384 个样本平行分析。
14 、可精确读取≥ 8 个连续单个重复碱基。
15 、适用的样本类型：鼻咽拭子、灌洗液、胸积水、脑脊液、全血、血清、血浆、尿液、粪便、石蜡包埋蜡块、纯培养的细菌、病毒和寄生虫、环境标本等。
16 、应用方向：肿瘤、病原、心血管疾病、血液病、遗传性疾病、 HPA 、 HLA 分型及其他血型系统研究、输血相关传染病检测、 TCR/BCR 免疫组库分析、药物基因组等基因检测。
17 、配套试剂：具有文库准备试剂盒、模板制备试剂盒、测序试剂盒、质控试剂盒等。
18 、配套靶向基因检测试剂盒 >30 种，涵盖各癌种检测试剂盒、泛癌种检测试剂盒、 TMB 检测试剂盒等。
19 、具有可视系统读取条形码，主动准确识别样品、芯片和试剂。
20 、测序仪内置生物信息分析插件，完成序列比对，组装及变异分析等基础功能。
21 、兼容商品化的 HLA 二代测序试剂和配套分析软件，支持用户订制个性化的检测 panel ，以满足临床转化研究的需求。
22 、提供基础分析软件和 NGS 高分辨率基因分型软件。
23 、提供≥ 50 个数据分析插件对数据进行后续分析。
24 、肿瘤疾病检测：
24.1 提供能够同时检测基因单碱基突变、拷贝数变异以及融合突变的检测试剂盒。
24.2 提供肿瘤相关基因检测及研究试剂盒≥ 10 个，可同时检测不少于 16000 对引物肿瘤检测试剂盒，测序反应≤ 4 个小时。
24.3 提供疾病及药物代谢相关基因检测及研究试剂盒≥ 20 个。
25 、肿瘤检测数据库和相关服务器应具备如下功能：
25.1 预装肿瘤分析工具：可提供预配置的工作流程来分析单个样本、配对的肿瘤 / 正常样本和三元体家系。能够用于检测单一工作流程中的 SNPs 、 InDels 和 CNVs ，体细胞变异检测、遗传性疾病以及低通量全基因组非整倍体分析的自定义算法。
25.2 可支持≥ 4 台高通量基因测序仪系统。
25.3 数据服务器可直接从测序仪导出原始数据，并自动执行分析工作，整个流程自动化完成，最终产生注释和过滤后的变异体信息，可供用户直接使用。
25.4 可支持从测序仪自动上传，映射和变异体识别，支持自定义注释，***平台注释 VCF 。提供常用注释资源数据库： NHLBI ESP 5000 外显子数据库， dbSNP138 ， Clinvar ， COSMIC 67 ， DGV ， DrugBank ， RefGene v63 ， Ensembl v74 ， GO ， Ingenuity Variant analysis software ， 1000 Genomes ， OMIM 03022014 ， Pfam ， Cornell University ， Harvard University ， JCVI ， RefSeq Canonical ， Ensemble canonical ， Oncomine 数据库。
25.5 可注释位点信息：位点的测序深度，突变位点突变频率，氨基酸是否改变， CNV 拷贝数差异，密码子是否改变，突变的遗传学信息，自定义注释源，基因组变异数据库，人类基因组结构变异，受突变影响的基因靶标药物，父源的基因分型信息，母源的基因分型信息，基因对应的 ampliseq panel 信息，进化信息，热点突变信息，位置信息（外显子 - 内含子区），标记自定义变异位点的 p-Value ，参考基因组信息，变异的范围（ SNP ， CNV ， INDEL ），变异的正反链测序深度信息，突变效果（ loss function 和 gain function ）。
25.6 支持基于 ampliseq 设计的热点突变 panel ，遗传病 panel ，肺癌和结直肠癌 panel ， 16s 宏基因组 panel ，全外显子组 panel ，全转录组 panel ， P53 panel ， BRAC1/BRAC2 panel 都有个性化的数据分析流程。
26 、病原检测：
26.1 预装微生物数据服务器分析系统：可实现数据上传、***网页的可视化操作界面。
26.2 预装 ion-meta 分析工具：内置近 17000 种病原微生物的数据库。
26.3 预装 meta-16S 分析工具：针对 S5 EXT 16S V34 融合引物建库测序的数据分析流程，核心程序调用权威软件 QIMME2 ，对样本的多样性及物质组成进行分析，并比较不同样本间差异，可以获得 Alpha 多样性、 Beta 多样性、稀释曲线、物种组成表格、物种相对丰度图、 PCA 分析、差异热图分析、 Euclidean 聚类结果。
26.4 预装 blast-nt 分析工具。
26.5 预装 Covid-19 分析工具：可对新型冠状病毒全基因组测序数据进行快速分析。
26.6 预装 flu-analysis 分析工具：调用世界通用流感分析的 IRMA 软件中专门针对流感分析的模块，主要应用于 Ampliseq FluAB panel 的分析。
26.7 预装 msa-tree 分析工具：对微生物或基因组较小物种进行多序列比对和进化树分析。
27 、 HIV 检测：
27.1 单独配备 HIV 全基因组 / 耐药基因分析软件。
27.2 HIV 全基因组基因片段的扩增，实现 HIV 病毒分型、蛋白酶和逆转录酶基因耐药突变位点的检测等功能。
27.3 从下机数据到结果报告仅需一键式操作，无需专业生物信息学知识。
27.4 自主知识产权的变异扩增防错技术。
27.5 可自动计算覆盖度和深度，有效去除假阳性。
27.6 单样本分析时间≤ 1 min 。
27.7 具有 HIV 亚型分型功能。
27.8 耐药预测，包括 ATV 、 DRV 、 IDV 、 LPV 、 NFV 、 SQV 及 TPV 等药物功能预测。
27.9 变异位点注释功能，包括主要突变（ M46MI 、 G48V 、 I54T 、 V82A ）、辅助突变（ K43T ）、其他突变（ L10I 、 K20KR 、 E35D 、 M36I 、 L63P 、 I64V ）。
27.10 支持对常用抗逆转录病毒药物进行耐药推断，包括 ABC 、 AZT 、 D4T 、 DDI 、 FTC 、 LMV 、 TDF 、 DOR 、 EFV 、 ETR 、 NVP 、 RPV 。
27.11 输出 HIV 耐药基因拼接结果及报告图片。
★二、配置
1 、测序主机：
1.1 测序仪主机 1 台。
1.2 预装软件： Torrent Suite 软件（具备仪器操控与原始数据生成）。
1.3 预装软件： Ubuntu 12.04 LTS 的操作系统。
2 、自动化建库工作站 1 台：
3 、肿瘤数据服务器 1 台（包含以下功能：肿瘤分析工具）。
3.1 处理器：≥二元 8 核 2.9 千兆赫兹 CPU 。
3.2 内存：≥ 128 GB RAM （内存）。
3.3 GPU 处理器：≥ 2 × Tesla c2075 CPU 。
3.4 硬盘：≥ 12 × 3 TB 存储容量。
3.5 操作系统：基于 UBUNTU 10.04 或者 OpenStack ， CentOS Linux 6.0 版可选择。
3.6 缓存：高速数据缓存，利用五个 400 GB 企业级 SATA SSA （ RAID 0 ）。
3.7 ≥企业级 SATA 。
3.8 软件：预装于定制服务器之上，要求包括： Ubuntu operating 系统软件、 PostgreSQL 数据库软件、 Apache 网络服务软件、 PHP 网络脚本语言软件。
3.9 预装 Python 编程语言软件、 Sun GridEngine 软件。
3.10 安全性：基于身份验证的访问，***网络，可选择用 AES 256 位密钥对数据加密，***网络，所有维修发生在保留在现场的数据。
4 、微生物数据服务器 1 台
4.1 服务器主机： Dell Power Edge T640 服务器。
4.2 CPU ：英特尔至强，一颗，≥ 12 核。
4.3 内存：≥ 64 G 。
4.4 硬盘：≥ 4 × 8 T 。
4.5. 预装软件：预装 Ion Buffalo 分析系统，并预装 6 种微生物分析软件：微生物数据服务器分析系统、 ion-meta 分析工具、 meta-16S 分析工具、 blast-nt 分析工具、 covid-19analysis 分析工具、 flu-analysis 分析工具、 msa-tree 分析工具。（包含以下功能：微生物数据服务器分析系统、 ion-meta 分析工具、 meta-16S 分析工具、 blast-nt 分析工具、 covid-19analysis 分析工具、 flu-analysis 分析工具、 msa-tree 分析工具）。
5 、安装试剂盒 1 套。
三、售后服务
★ 1 、整机免费质保三年。
包号 / 序号： 001-002
产品名称：全自动一体化高通量测序系统
数量： 1 套
是否为经过审批采购的进口产品：是
是否为核心产品（非单一产品采购项目时适用） 否
标的对应的中小企业划分标准所属行业：工业
★ 1 、通量：同一张测序芯片≥ 4 通道，可独立使用任一个通道。
★ 2 、测序原理要求：利用半导体芯片测序，直接将化学信号转化为电信号，实时检测测序时产生的氢离子浓度。
3 、使用半导体测序芯片，芯片每条 lane 获得 reads 数≥ 12 M 。
★ 4 、高度整合自动化：整个测序流程（建库、模板制备、测序、数据分析和报告）≤ 17 个小时。
★ 5 、读长：单端检测序列 200-400 bp 。
6 、读取精度：原始数据准确性≥ 99.5 ％，一致序列准确性≥ 99.99% 。
7 、 DNA 最低检出限≥ 10 ng ，突变率检测限≤ 0.1% 。
★ 8 、混合样本检测：支持≥ 384 个样本平行分析。
9 、具备封闭检测室，实验反应后无需额外生物安全处理。
10 、提供多重 PCR 扩增测序引物定制：支持单管≥ 6144 重 PCR 扩增，支持起始 DNA 样品量≥ 10 ng 。
11 、设备可与实验室 LIMS 系统连接并进行数据传输。
12 、扩增子测序时， reads on target （有效 reads 比率） >90% 。
13 、微量样本输入：通过多重 PCR 扩增测序技术，支持使用≤ 10 ng 的 DNA 或 RNA 来制备文库。
14 、适用的样本类型：鼻咽拭子、灌洗液、胸积水、脑脊液、全血、血清、血浆、尿液、粪便、石蜡包埋蜡块、纯培养的细菌、病毒和寄生虫、环境标本等。
15 、手动设置测序运行时间 <5 min 。
16 、具有彩色触摸屏可直接进行控制。具有可视系统读取条形码，主动正确识别样品芯片。
17 、测序仪主机预装数据分析软件，完成碱基读取，输出符合行业标准的数据格式。
18 、提供≥ 50 余个数据分析插件对数据进行后续分析。
19 、配套试剂：具有文库准备试剂盒、模板制备试剂盒、测序试剂盒、质控试剂盒等。
20 、固有靶向基因检测试剂盒 >30 个，如各个癌种的检测试剂盒、泛癌种的检测试剂盒、 TMB 检测试剂盒等，同时支持用户订制个性化的检测 panel ，以满足临床转化研究的需求。
★ 21 、配备肿瘤数据库及自动化报告系统，可自动完成变异分析及注释，肿瘤检测数据库和相关服务器应具备如下功能：
★ 21.1 预装肿瘤分析软件：可提供预配置的工作流程来分析单个样本、配对的肿瘤 / 正常样本和三元体家系。能够用于检测单一工作流程中的 SNPs 、 InDels 和 CNVs ，体细胞变异检测、遗传性疾病以及低通量全基因组非整倍体分析的自定义算法。
★ 21.2 可支持≥ 4 台高通量基因测序仪系统。
★ 21.3 无需额外的软件工具，通过优化从测序仪软件至执行分析工作流程的数据传输而使信息学需求自动化，从而产生注释和过滤后的变异体。
★ 21.4 可支持从测序仪自动上传，映射和变异体识别，支持自定义注释，***平台注释 VCF 。提供常用注释资源数据库： NHLBI ESP 5000 外显子数据库， dbSNP 138 ， Clinvar ， COSMIC 67 ， DGV ， DrugBank ， RefGene v63 ， Ensembl v74 ， GO ， Ingenuity Variant analysis software ， 1000 Genomes ， OMIM 03022014 ， Pfam ， Cornell University ， Harvard University ， JCVI ， RefSeq Canonical ， Ensemble canonical ， Oncomine 数据库。
★ 21.5 可注释位点信息：位点的测序深度，突变位点突变频率，氨基酸是否改变， CNV 拷贝数差异，密码子是否改变，突变的遗传学信息，自定义注释源，基因组变异数据库，人类基因组结构变异，受突变影响的基因靶标药物，父源的基因分型信息，母源的基因分型信息，基因对应的 ampliseq panel 信息，进化信息、热点突变信息，位置信息（外显子 - 内含子区），标记自定义变异位点的 p-Value ，参考基因组信息，变异的范围（ SNP ， CNV ， INDEL ），变异的正反链测序深度信息，突变效果（ loss function 和 gain function ）。
★ 21.6 可以对基于 ampliseq 设计的热点突变 panel ，遗传病 panel ，肺癌和结直肠癌 panel ， 16s 宏基因组 panel ，全外显子组 panel ，全转录组 panel ， P53 panel ， BRAC1/BRAC2 panel 都有个性化的数据分析流程。
★ 22 、配备微生物数据服务器，可实验多种病原的检测和分析，微生物检测数据库和相关服务器应具备如下功能：
★ 22.1 预装微生物数据服务器分析系统：可实现数据上传、***网页可视化操作界面。
★ 22.2 预装 ion-meta 分析工具：内置近 17000 种病原微生物的数据库。
★ 22.3 预装 meta-16S 分析工具：针对 S5 EXT 16S V34 融合引物建库测序的数据分析流程，核心程序调用权威软件 QIMME2 ，对样本多样性及物质组成进行分析，并比较不同样本间差异，可以获得 Alpha 多样性、 Beta 多样性、稀释曲线、物种组成表格、物种相对丰度图、 PCA 分析、差异热图分析、 Euclidean 聚类结果。
★ 22.4 预装 blast-nt 分析工具。
22.5 预装 Covid-19 分析工具：可对新型冠状病毒全基因组测序数据进行快速分析。
★ 22.6 预装 flu-analysis 分析工具：调用世界通用流感分析的 IRMA 软件中专门针对流感分析的模块，主要应用于 Ampliseq FluAB panel 的分析。
★ 22.7 预装 msa-tree 分析工具：对微生物或基因组较小物种进行多序列比对和进化树分析。
★二 配置
1 、测序仪主机 1 台（内置肿瘤检测数据库）。
1.1 处理器：双路六核处理器。
1.2 内存：≥ 48 GB 。
1.3 储存：≥ 8 个 2 TB 硬盘构成的 RAID5 阵列（ 12 TB 可用容量）。
2 、数据分析服务器 1 台。
2.1 主机： Dell Power Edge T640 服务器。
2.2 CPU ：英特尔至强，一颗，≥ 12 核，≥ 1.9GHZ 。
2.3 内存：≥ 64 GB 。
2.4 硬盘：≥ 4 × 8 T 。
2.5 预装软件：预装 Ion Buffalo 分析系统，并预装 6 种微生物分析软件，包括：微生物数据服务器分析系统、 ion-meta 分析工具、 meta-16S 分析工具、 blast-nt 分析工具、 covid-19analysis 分析工具、 flu-analysis 分析工具、 msa-tree 分析工具。
3 、安装试剂盒 1 套。
三 售后服务
★ 1 、整机免费质保三年。
3.本项目的特定资格要求：投标人所投产品属于医疗器械的，须提供医疗器械经营许可证（或医疗器械经营备案凭证），制造商具有有效期内的医疗器械生产许可证（进口设备无须提供），所投产品具有有效期内的医疗器械产品注册证（或医疗器械备案凭证）；所投产品为非医疗器械的提供非医疗器械情况说明
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